در عرف مردم ایران، شیخ بهائی به مهارت در ریاضی و معماری و مهندسی معروف بوده و هنوز هم به همین صفت معروف است، چنانکه معماری مسجد امام اصفهان و مهندسی حصار نجف را به او نسبت می دهند. و نیز شاخصی برای تعیین اوقات شبانه روز از روی سایه آفتاب یا به اصطلاح فنی، ساعت آفتاب یا صفحه آفتابی و یا ساعت ظلی در مغرب مسجد امام (مسجد شاه سابق) در اصفهان هست که می گویند وی ساخته است.
در احاطه وی در مهندسی مساحی تردید نیست و بهترین نمونه که هنوز در میان است، نخست تقسیم آب زاینده رود به محلات اصفهان و قرای مجاور رودخانه است که معروف است هیئتی در آن زمان از جانب شاه عباس به ریاست شیخ بهائی مأمور شده و ترتیب بسیار دقیق و درستی با منتهای عدالت و دقت علمی در باب حق آب هر ده و آبادی و محله و بردن آب و ساختن مادیها داده اند که هنوز به همان ترتیب معمول است و اصل طومار آن در اصفهان هست.