استادان شیخ بهائی:

آن طور که مؤلف عالم آرا آورده است، استادان او بجز پدرش از این قرار بوده اند: "تفسیر و حدیث و عربیت و امثال آن را از پدر و حکمت و کلام و بعضی علوم منقول را از مولانا عبدالله مدرس یزدی مؤلف مشهور حاشیه بر تهذیب منطق معروف به حاشیه ملا عبدالله آموخت. ریاضی را از ملا علی مذهب ملا افضل قاضی مدرس سرکار فیض کاشانی فرا گرفت و طب را از حکیم عماد الدین محمود آموخت و در اندک زمانی در منقول و معقول پیش رفت و به تصنیف کتاب پرداخت."

"مؤلف روضات الجنات استادان او را پدرش و محمد بن محمد بن محمد ابی الطیف مقدسی می شمارد و گوید که صحیح بخاری را نزد او خوانده است."

علاوه بر استادان فوق در ریاضی؛ "بهائی نزد ملا محمد باقر بن زین العابدین یزدی مؤلف کتاب مطالع الانوار در هیئت و عیون الحساب که از ریاضی دانان عصر خود بوده نیز درس خوانده است."